Se você esta procurando um programa para colocar legendas em videos eu recomendo o AVI Recomp, testei três programas e este é o melhor. Ele é simples, fácil e principalmente o sincronismo das legendas é automático. Caso seus vídeos não sejam em AVI use o conversor que recomendo neste post conversor de video para linux e windows
Ele só roda em Windows.
AVI Recomp
Opções para linux você encontra no link abaixo
Programa em linux para colocar legendas em videos