Apesar da controvérsia sobre Flash e Html5 já existe uma solução que resolve o uso do HTML5 sem que aqueles SWF's que você fez sejam perdidos ou pior que você tenha de fazer do zero uma versão em HTML5.
A Google desenvolveu um conversor de SWF em HTML5, o Google Swiffy. O resultado final é um arquivo que carrega rápido apesar de em geral acabar ficando um pouco maior que o original em SWF. A solução está no link abaixo.
GOOGLE SWIFFY